புதுக்கோட்டை என்ற பகுதியை ஏற்படுத்தியவர் ரகுநாதராய தொண்டைமான் ஆவார். இவர் திருமயம் என்ற பகுதியின் பொறுப்பாளராக இருந்து வந்தார். இவர் ராமநாதபுர மகாராஜா ரகுநாத கிழவன் சேதுபதியின் மைத்துனர் ஆவார். தொண்டைமானின் சிறப்பான செயல்கள் காரணமாக சேதுபதி புதுக்கோட்டை மற்றும் அதனை சுற்றியுள்ள பகுதிகளை அளித்தார்.

பின்னர் இந்த பகுதியை தொண்டைமான் மன்னர்கள் ராமநாதபுர அரசை சார்ந்தே இருந்து வந்தனர். 1763ம் ஆண்டு புதுக்கோட்டை ஆங்கிலேயர்கள் கட்டுப்பாட்டில் வந்தது.

இந்தியா சுதந்திரம் பெற்ற பின்னர் 1948ம் ஆண்டு வரை தொண்டைமான் மன்னர்கள் புதுக்கோட்டையை ஆண்டு வந்தனர். இந்த மாவட்டம் திருச்சியின் ஒரு பகுதியாகவே செயல்பட்டு வந்தது. 1974ம் ஆண்டு ஜனவரி 14ம் தேதி புதுக்கோட்டை திருச்சி, தஞ்சையிலிருந்து பிரிக்கப்பட்டு தனி மாவட்டமாக அறிவிக்கப்பட்டது.