பின், 2012ல் இந்த ஐந்து மையங்களும், சென்னையில் உள்ள அண்ணா பல்கலை உடன் இணைக்கப்பட்டன. கோவையில் துவக்கப்பட்ட பல்கலை வளாகத்தில், ஒப்பந்த அடிப்படையில் பணியாற்றிய தொழிலாளர்களுக்கு, வருங்கால வைப்பு நிதி தொகை வழங்கப்படவில்லை என்ற புகார் எழுந்தது.

இதையடுத்து, கோவை பல்கலை வளாகத்தை, மண்டல வருங்கால வைப்பு நிதி ஆணையர் ஆய்வு செய்தார். 2.44 கோடி ரூபாய் டிபாசிட் செய்யும்படி, அண்ணா பல்கலைக்கு, வருங்கால வைப்பு நிதி ஆணையர் உத்தரவிட்டார்.

இதை எதிர்த்து, மத்திய தொழில் தீர்ப்பாயத்தில் அண்ணா பல்கலை தரப்பில் மனு தாக்கல் செய்யப்பட்டது. ஆணையரின் உத்தரவுக்கு, தீர்ப்பாயம் தடை விதித்தது. ஆனால், 1.09 கோடி ரூபாய் டிபாசிட் செய்யும்படி, பல்கலைக்கு நிபந்தனை விதிக்கப்பட்டது.

நிபந்தனையை தளர்த்தக்கோரி, உயர் நீதிமன்றத்தில் அண்ணா பல்கலை மனு தாக்கல் செய்தது. மனுவை விசாரித்த உயர் நீதிமன்ற தனி நீதிபதி, 30 சதவீதமாக 73 லட்சம் ரூபாய் அளவுக்கு டிபாசிட் செய்யும்படி, அண்ணா பல்கலைக்கு உத்தரவிட்டார்.

இந்த உத்தரவை எதிர்த்து மேல்முறையீடு செய்யப்பட்டது. 73 லட்சம் ரூபாய் டிபாசிட் செய்யும் அளவுக்கு, பல்கலையின் நிதி நிலை வலுவாக இல்லை என்றும் மேல்முறையீட்டு மனுவில் கூறப்பட்டது.

இந்த மனு, நீதிபதிகள் சத்தியநாராயண பிரசாத், லட்சுமிநாராயணன் அடங்கிய அமர்வில் விசாரணைக்கு வந்தது. பல்கலை தரப்பில் ஆஜரான வழக்கறிஞர், '10 லட்சம் ரூபாய் மட்டுமே டிபாசிட் செய்ய முடியும்' என்று தெரிவித்தார்.

இந்த தொகை மிகவும் குறைவாக இருப்பதால், மேல்முறையீட்டு வழக்கின் விசாரணையை, ஜூன் 5க்கு நீதிபதிகள் தள்ளி வைத்தனர். வழக்கு ஆவணங்களை, பி.எப்., தரப்புக்கு வழங்கும்படியும் நீதிபதிகள் உத்தரவிட்டனர்.