மழைக்காலத்தில் பயிர்களை பூஞ்சை நோய்கள் அதிகமாக தாக்குகின்றன. வேர் அழுகல் நோய், இளம் நாற்றுகளின் தண்டு பகுதியையும், வேரையும் தாக்கி அழுக செய்கிறது. குறிப்பாக, மிளகாய், கத்திரி, புகையிலை பயிர்களில் இது அதிகம் காணப்படும். குலை நோய், இது நெற்பயிரை தாக்கும். இலைகள் மற்றும் கதிர் காம்புகளில் கண் போன்ற புள்ளிகள் தோன்றி படிப்படியாக பரவி, பயிரை சாய்த்து விடும்.

பல்வேறு பயிர்களின் நிலைகளில் சிறிய புள்ளிகள் உருவாகி, படிப்படியாக பெரிய, சிறிய பகுதிகளாக மாறுவது இலை புள்ளி அல்லது இலை கருகல் நோய் எனப்படுகிறது. இது நெல், நிலக் கடலை பயிர்களில் அதிகம் காணப்படும். பூஞ்சை அல்லது பாக்டீரியா தாக்குதல் காரணமாக திடீரென செடிகள் வாடத் தொடங்கி, சில நாட்களில் முழுவதுமாக மடிந்து விடும். இது வாடல் நோய் எனப்படும். பருத்தி, வாழை போன்ற பயிர்களில் இது அதிகமாக காணப்படும்.

இது குறித்து முன்னோடி விவசாயிகள் கூறுகையில், ''மழை மற்றும் குளிர் காலங்களில், வயல்களில் தண்ணீர் தேங்காமல் பார்த்துக் கொள்ள வேண்டும். தேங்கி நிற்கும் தண்ணீரால் பாக்டீரியா தொடர்பான நோய்கள் பரவும். நோய்களை தாங்கும் சக்தி கொண்ட பயிர் ரகங்களை தேர்ந்தெடுத்து பயிரிட வேண்டும். விதைப்பதற்கு முன்பு பூஞ்சை எதிர்ப்பு மருந்துகள் கொண்டு விதைகளை நேர்த்தி செய்து பயிரிடுவது நல்லது. ஒரே இடத்தில் தொடர்ந்து ஒரே பயிரை பயிரிடுவதை தவிர்க்க வேண்டும். வேப்பம் புண்ணாக்கி உரமாக இடுவது மண்ணில் உள்ள நோய் கிருமிகளை கட்டுப்படுத்த உதவும். ஜீவாமிர்தா கரைசல் பயன்படுத்துவதன் வாயிலாக நோய்களை கட்டுப்படுத்தலாம்'' என்றனர்.