மதுரையை அழகுற வடிவமைத்த பெருமை, மதுரை நாயக்க மன்னர்களையே சேரும். தற்போதைய மதுரையின் அடையாளமாகத் திகழும் திருமலை நாயக்கர் மகால், தெப்பக்குளம், மங்கம்மாள் சத்திரம் போன்றவை, நாயக்கர் கால ஆட்சியில் ஏற்படுத்தப்பட்டவை.

விஜயநகர பேரரசின் சார்பில், மதுரையை ஆட்சி செய்ய அனுப்பப்பட்டவர்களே, நாயக்க மன்னர்கள். விஜயநகர பேரரசில் இருந்து, தனியாக மதுரையை ஆட்சி செய்யத் தொடங்கிய முதல் மன்னர், விசுவநாத நாயக்கர். அவர், 1529 முதல் 1524 வரை, மதுரையை ஆண்டார். அதற்குப் பிறகு, பல மன்னர்கள் மதுரையை ஆண்டிருந்தாலும், அவர்களில் மிகவும் புகழ்பெற்று விளங்கியவர்கள், திருமலை நாயக்கர், சொக்கநாத நாயக்கர், ராணி மங்கம்மாள், விஜயரங்க சொக்கநாதர் ஆகியோர் குறிப்பிடத்தக்கவர்கள்.

மதுரை நாயக்க மன்னர்களின் ஆட்சிக்காலத்தில், கரடுமுரடான சாலைகள் சீரமைக்கப்பட்டன; சாலைகளில், வழிப்போக்கர்கள் பாதுகாப்பாக தங்குவதற்காக, சத்திரங்கள் கட்டப்பட்டன. ஆட்சிக்கு உட்பட்ட பகுதிகள் நிர்வாக வசதிக்காக, 72 பாளையப்பட்டுகளாக பிரிக்கப்பட்டன.

இம்மன்னர்கள் காலத்தில், திருச்சிபுரமும் (திருச்சி) மதுரையும் மாறிமாறி, தலைநகராக இருந்திருக்கின்றன. திருமலை நாயக்கர் ஆட்சிக்காலத்தில், (1623- - 1659), மதுரை தலைநகராக இருந்தது. திருமலை நாயக்கரிடம், 20,000 படைவீரர்கள் இருந்தனர்.

திண்டுக்கல் மீது படையெடுத்து வந்த, மைசூர் மன்னர் சாமராஜ உடையாரை விரட்டியடித்தார் திருமலை.

மதுரையில், இப்போது நடக்கும் சித்திரை திருவிழா, திருமலை நாயக்கர் காலத்தில் மாசி மாதம் நடைபெற்று வந்தது. ஆனால், அந்த மாதம் அறுவடை செய்யும் காலம். நாயக்கர் இரு தேர்களை செய்து வைத்திருந்தார். அதை இழுப்பதற்கு போதிய ஆட்கள் கிடைக்காததால், திருவிழா சித்திரை மாதத்திற்கு மாற்றி வைக்கப்பட்டதாக, ஒரு வரலாற்றுச் செய்தி தெரிவிக்கிறது.

திருமலை நாயக்கருக்குப் பிறகு, அவரது பெயரன் சொக்கநாதர் ஆட்சிக்கு வந்தார். இவர், தலைநகரை திருச்சிக்கு மாற்றினார்.

சொக்கநாதரின் மனைவி மங்கம்மாள். தன் மகன் முத்து வீரப்பரின் மரணத்துக்குப் பிறகு, பெயரன் விஜயரங்க சொக்கநாதனின் சார்பாக ஆட்சி செய்தவர் மங்கம்மாள் (1689 - 1706). பெண்களுக்கு நாடாளும் உரிமை இல்லாத காரணத்தால், பெயரன் சார்பில் ஆட்சி செய்தார். முகலாயருக்கு கப்பம் கட்டும் அரசியாக இருந்தார். குளங்களை வெட்டி, நாட்டை வளமையானதாக மாற்றினார்; தன் ஆட்சிக்கு உட்பட்ட பகுதி முழுவதும், சாலையை மேம்படுத்தினார்.

ராணி மங்கம்மாளுக்குப் பிறகு, மதுரை நாயக்கர் ஆட்சி மங்கத் தொடங்கியது. நாட்டை கவனிக்க வேண்டிய விஜயரங்க சொக்கநாதர், கோவில் கோவிலாக சுற்றிக்கொண்டிருந்தார். மடங்களுக்கும், கோவில்களுக்கும் நிலங்களை அள்ளிக்கொடுத்தார். அரசரின் நிலையை உணர்ந்து கொண்ட நிர்வாகிகள் (தளவாய், பிரதானி) மக்களிடம் அதிக வரி வசூலித்தனர்.

விஜயரங்க சொக்கநாதருக்கு வாரிசு இல்லை. அவரின் மறைவிற்குப் பிறகு, மீனாட்சி அரசி 1732ல் தத்துப்பிள்ளை ஒன்றின் சார்பாக ஆட்சிக்கு வந்தார். ஆனால், மங்கம்மாளின் திறமை இவருக்கு இல்லை. சுற்றி இருந்த உறவினர்களே, மீனாட்சிக்கு எதிராக சூழ்ச்சி செய்தனர்.

இதனை சாதகமாகப் பயன்படுத்திக் கொள்ள நினைத்தார், ஆற்காடு நவாபு தோஸ்து அலிகான். அவர் தன் மகன், மருமகன் சந்தா சாகிபு இருவர் தலைமையில், பெரும்படையை அனுப்பினார்.

அப்போது, திருச்சி கோட்டையில் இருந்தார் மீனாட்சி. கோட்டைக்குள் புகுந்த ஆற்காடு நவாபுக்கு, ஒரு கோடி ரூபாய் தருவதாகச் சொன்னார் மீனாட்சி. ஆனால் நவாபோ, ''ஒரு கோடி ரூபாய் வாங்கிக் கொண்டு, மதுரையை விற்க வரவில்லை. கைப்பற்றி ஆட்சிபுரியவே வந்தேன்” எனக் கூறி, மீனாட்சியை சிறைபிடித்தார்.

சிறையில் அடைக்கப்பட்ட அரசி மீனாட்சி, 1736ல் விஷம் அருந்தி தற்கொலை செய்து கொண்டார். மதுரையை 207 ஆண்டுகள் ஆட்சி செய்த நாயக்கர் கால ஆட்சி, மீனாட்சியோடு முடிவுக்கு வந்தது.