சைவ சமயக் குரவர்களில் ஒருவரான சுந்தரமூர்த்தி நாயனார் மற்றும் சேர மன்னனான சேரன் பெருமாள், கொங்கு தேசத்தில் சேர்ந்து பயணம் செய்ததாக, புராணங்களும் ஊர்க்கதைகளும் சாட்சி தருகின்றன. அவர்கள் துடியலுார் வடமதுரையில் தங்கி, அருகிலிருந்த குருடிமலையிலிருந்து வந்த அகத்திய நதியில் நீராடினர். (இன்று அது ஒரு வறண்ட பள்ளம் மட்டுமே).

பின், அவர்கள் வடமதுரை விருந்தீஸ்வரருக்கு திருமுழுக்கு செய்து வழிபட்டனர். அங்கிருந்து பேரூர் பட்டீஸ்வரரை தரிசிக்க புறப்பட்ட பாதை, அந்தக் காலத்தில் காஞ்சி மகாநதி என அழைக்கப்பட்ட, இன்றைய நொய்யல் ஆற்றை ஒட்டி அமைந்திருந்தது.

சுந்தரர் மற்றும் சேர மன்னன் பயணித்த போது, அந்தப் பகுதி இருளர் சமூகத்தைச் சேர்ந்த கோவன் என்ற தலைவரின் ஆட்சிப்பரப்பில் இருந்தது. அவரது தலைமைப் பகுதி 'மலசர்பதி' என அழைக்கப்பட்டது; பின்னர் அது கோவன் பதி (கோவன் + பதி; பதி = ஊர்) என மாற்றம் பெற்றது.

சில வீடுகள் கொண்ட சிற்றுார்; அதைச் சூழ்ந்து அகன்ற காடுகள், இந்த காட்சியைப் பார்த்த சேர மன்னன், இங்கு ஒரு பெரிய ஊரை உருவாக்க வேண்டும் என்று எண்ணி, உடனே காட்டை அகற்ற ஆணையிட்டார். மக்களை குடியேற்றினார். கொடியேற்ற நிகழ்வு நடந்தது. அவ்வாறு, கோவன் பதி = கோவன்புத்துார் ஆனது. காலப்போக்கில் அது கோயம்புத்தூர் / கோயமுத்தூர் / கோவை என மாறி நிலைபெற்றது.

சுந்தரமூர்த்தி நாயனாரின் காலம், ஒன்பதாம் நூற்றாண்டு. அந்தக் காலத்திற்குப் பின் தான், கோவை ஒரு நகரமாக வடிவெடுக்கத் தொடங்கியது. சோழர்கள், கோனியம்மன் கோயிலை மையமாக வைத்து, ராஜவீதி, தேர் வீதி, கடைத்தெரு என சதுர வடிவ நகர அமைப்பை உருவாக்கினர்.

நாட்கள் நகர நகர, அந்த பகுதி வளர்ந்து 'கோவை நகரம்' புகழ்பெற்றது. அதே நேரத்தில் பேரூர், பழைய ஊராக இருந்தாலும், புதிய நகர வளர்ச்சியில் ஒரு சிற்றூராகவே மாறிவிட்டது. ---இன்று குமரலிங்கம் பகுதியில் உள்ள கரிவரதராஜ பெருமாள் கோயிலின் கல்வெட்டுகள், அந்தக் கால வரலாற்றை தெளிவாக பதிவு செய்கின்றன.

அதில் பேரூர் நாட்டு கோவன் புத்துார் என்று குறிப்பிடப்பட்டுள்ளது. இது, பேரூரின் நிலை முதன்மையானதையும், கோவையின் பெயர் கோவன் பதி, கோவன்புத்துார் என்ற மாற்றத்தையும் உறுதி செய்கிறது.