ஒவ்வொரு இந்து கோயில்களிலும் சாஸ்திரங்களில் கூறப்பட்டுள்ள ஆகமவிதிப்படி பூஜைகள் நடப்பது வழக்கம். சாஸ்திரங்களை பின்பற்றியே கோயில்களில் நித்ய பூஜைகள், சேவைகள், உற்சவங்கள், யாகங்கள், கும்பாபிஷேகங்கள், அத்யயன உற்சவங்கள், பிரம்மோற்சவங்கள் நடக்கும். ஆந்திராவை பொறுத்தவரையில் வைகானசம், ஸ்மார்த்தம், ஆதிசைவம், வீரசைவம், தந்திர சாரம், சாகதீயம் போன்ற ஆகம சாஸ்திரங்கள் கோயில்களில் கடைபிடிக்கப்படுகிறது. கோயில்கள், தேவஸ்தானத்தில் பணியாற்றும் அர்ச்சகர்கள், பிரதான அர்ச்சகர்களின் முடிவுகளின்படியே பூஜைகள் நடத்த வேண்டும் என்று இந்து சமய அறநிலையத் துறை சட்டம் தெளிவாக சொல்கிறது. ஆனால் கோயில் நிர்வாக அதிகாரிகளுக்கு அதிக அதிகாரம் வழங்கப்பட்டுள்ளதால் அவர்களின் கையே ஓங்கி இருக்கிறது. அர்ச்சகர்கள், பண்டிதர்கள், ஆகம வல்லுநர்கள் கூட அரசு நியமித்த அதிகாரி என்ன சொல்கிறாரோ அதன்படியே செயல்பட வேண்டி உள்ளது. ஆகம சாஸ்திர முறையை பின்பற்றுவதில் தவறு இருந்தால் கூட அதிகாரிகள் அதை ஏற்றுக்கொள்வது இல்லை என்ற குற்றச்சாட்டு உள்ளது.